En cas de maladie, le versement des allocations d’aide au retour à l’emploi doit être suspendu, du fait de l’inaptitude temporaire à l’exercice d’un emploi.

Durant cette période, le demandeur d’emploi bénéficie des indemnités journalières, soit par la CPAM soit par l’employeur public.

En effet, l’article L.311-5 du code de la sécurité sociale prévoit que toute personne percevant une allocation chômage conserve sa qualité d'assuré et bénéficie du maintien de ses droits aux prestations du régime obligatoire d'assurance maladie, maternité, invalidité et décès dont elle relevait antérieurement. Elle continue à en bénéficier, en cas de reprise d'une activité insuffisante pour justifier de nouvelles conditions.

Si l’allocataire relevait antérieurement du régime spécial (CNRACL), en tant qu’agent titulaire ou stagiaire de la fonction publique territoriale avec une durée hebdomadaire de 28 heures ou plus, il appartient à l’employeur public de verser les indemnités journalières en lieu et place de la CPAM, durant la période du congé de maladie (si l’agent n’a pas repris d’activité professionnelle ou si celle-ci est d’une durée insuffisante).