Le RIFSEEP a vocation à être versé à l'ensemble des fonctionnaires territoriaux (titulaires et stagiaires), quelles que soient leur catégorie hiérarchique et leur filière (sauf exceptions prévues par arrêté ministériel, et sauf filières non soumises au principe de parité comme la police municipale et les sapeurs-pompiers).
Sa transposition dans la fonction publique territoriale est progressive et a commencé le 1er juillet 2015.
Les agents contractuels peuvent percevoir le RIFSEEP, si la délibération instaurant le RIFSEEP le prévoit.
La prime de fonctions et de résultats (PFR) mise en place pour les agents de catégorie A est abrogée depuis le 31 décembre 2015, ainsi que l'indemnité forfaitaire représentative de sujétions et de travaux supplémentaires (IFRSTS) pour les assistants socio-éducatifs.
Le RIFSEEP se substitue à la PFR et l'IFRSTS. Les délibérations relatives à ces primes n'ont pour partie plus de base légale et il revient aux assemblées délibérantes de les abroger d'office dans un délai raisonnable.